Effekten av hypoallergena dieter, baserade på ovanliga eller nya ingredienser, bygger på det faktum att immunologiska reaktioner på foderkomponenter (främst IgE-relaterade typ I-reaktioner) endast inträffar om djuret har utsatts för allergenet tidigare och bildat antikropper. Vid nästa exponering triggas immunsystem att reagera på proteinet i fodret. Sammansättningen av den perfekta hypoallergena dieten beror främst på de ingredienser som den enskilda katten eller hunden har utsatts för tidigare under sitt liv. Att hitta en diet med ingredienser som patienten aldrig tidigare har ätit kan vara svårt, särskilt med tanke på det växande antalet djurfoder som innehåller exotiska proteinkällor. En uttömmande kosthistorik bör tas fram och utvärderas, och ska innehålla allt som patienten har konsumerat under sitt liv, inklusive alla ingredienser som ingår i sammansatta produkter.
Kommersiell eller hemlagad kost baserad på nya ingredienser kan användas för att hantera födoämnesallergir. Vissa anser att hemlagade dieter är bäst, särskilt när de används som eliminationsdieter, eftersom de inte innehåller olika tillsatser, som skulle kunna orsaka en reaktion, eller komponenter som framställs vid bearbetning i höga temperaturer. Å andra sidan kan hemlagad kost vara dyr och tidskrävande att tillreda, eller orsaka förstoppning eller diarré. En stor nackdel är också att de flesta hemlagade dieter, för elimineringstest för hundar och katter med misstänkt foderallergi, inte är näringsmässigt kompletta och därför inte kan användas för växande djur eller för långtidsbruk.
Det finns flera kommersiella hypoallergena veterinärfoder tillgängliga på marknaden, som är näringsmässigt kompletta och balanserade och därmed mer praktiska att använda. Även om inte alla kommersiella hypoallergena foder kommer att fungera för alla patienter, är de effektiva för de allra flesta. "Vanliga" foder från djurbutiken bör undvikas, även om de ser ut att innehålla ett protein som djuret tål, eftersom vissa av dessa foder kan innehålla flera proteinkällor eller spår av proteinslag som inte nämns på etiketten.